Kirkkotoimikunnan tehtävä on tukea ja edistää Rotterdamin merimieskirkon toimintaa sekä pitää yllä yhteyksiä suomalaiseen siirtokuntaan. Kirkkotoimikunta antaa Suomen Merimieskirkon hallitukselle lausuntoja ja tekee ehdotuksia merimieskirkkoa koskevissa asioissa. Kirkkotoimikunta voi antaa lausuntoja myös kirkkohallituksen ulkosuomalaistyön toimistolle.
Tammikuussa 2012 pidetyssä kirkkotoimikunnan kokouksessa puheenjohtajaksi valittiin Anna-Maija Scholten. Uudeksi varsinaiseksi jäseneksi valittiin Marja-Liisa de Hart ja uusiksi varajäseniksi Tea Kuusinen ja Liisa Aholainen. Kirkkotoimikunta päätti, että varajäsenet osallistuvat muiden jäsenten tapaan toimikunnan kokouksiin. Benelux-maiden Suomalaisen Merimieskirkon kirkkotoimikuntaan Rotterdamissa vuonna 2012 kuuluvat seuraavat henkilöt:
Anna-Maija Scholten (puheenjohtaja)
Ismo Vaittinen
Anu Dekker
Ove Fallenius
Mervi Leveelahti
Marja-Liisa de Hart
Kati Juntunen
Jarmo Karjalainen
Jukka Oksanen
Sari van Bregt
Varajäsenet:
Tea Kuusinen
Liisa Aholainen
Tutustu myös kirkkotoimikunnan ohjesääntöön.